Scrubs conta a história dos novos internos John "J.D." Dorian (Zach Braff), Chris Turk (Donald Faison) e Elliot Reid (Sarah Chalke), enquanto eles embarcam em suas carreiras como médicos. O hospital provém muitas surpresas ao longo do caminho, e nem todas estão relacionadas à medicina. Para ter certeza que eles vão se encontrar no caminho, estão os Doutores Perry Cox (John C. McGinley), chefe de medicina, e Bob Kelso (Ken Jenkins), além da enfermeira Carla Espinosa (Judy Reyes).