Cairo, Egito, 1949. O arqueólogo Lankester Merrin (Stellan Skarsgard), um ex-padre (pois perdeu a fé quando ainda era sacerdote durante a 2ª Guerra Mundial e teve de escolher 10 pessoas para serem executadas, senão todos seriam mortos, e estas lembranças o atormentam sempre), recebe de Semelier (Ben Cross), um colecionador de antigüidades, a missão de ir a uma escavação promovida pelo governo inglês na região de Turkana, Quênia, e recuperar um objeto que estaria sot junto a uma igreja cristã bizantina do século V. O local estava sendo escavado pelo questionamento do que uma igreja faria num lugar onde ainda não chegara o cristianismo. Chegando ao local Merrin é recebido por Francis (James D'Arcy), um padre, e Chuma (Andrew French), um nativo, e é apresentado a outros que também participam da escavação, como Jeffries (Alan Ford), que possui o rosto desfigurado mas almeja sem êxito amor de Sarah Novak (Izabella Scorupco), uma médica que cuida dos nativos. Merrin constata que a igreja está inexplicavelmente intacta, como se tivesse sido soterrada no dia em que foi concluída. Pela cúpula Merrin e Francis entram na igreja, se deparando com esculturas de soldados com as armas voltadas para baixo e um crucifixo com o Cristo também com a cabeça para baixo, o que é uma profanação. Durante a escavação fatos mórbidos surpreendentemente acontecem, como a dilaceração por hienas de James (James Bellamy), o filho de um nativo. Entretanto Joseph (Remy Sweeney), o irmão mais novo, saiu ileso, pois as hienas agiraram como se ele nem estivesse ali. Merrin fica sabendo que os nativos crêem que aquele lugar é amaldiçoado e pergunta a Sarah informações maiores sobre o que estava acontecendo. Ela diz que o chefe da escavação, Bession (Patrick O'Kane), enlouquecera e estava num sanatório em Nairobi. Merrin acha na tenda abandonada por Bession vários desenhos do que ele vira durante a escavação na igreja. Em Nairobi Merrin encontra Bession no hospício, porém este se mata na sua frente e diz "Deus não está mais aqui, padre", a mesma frase que ele já ouvira de um oficial nazista quando foi obrigado a fazer uma terrível escolha. Conversando com o padre Gionetti (David Bradley), o diretor do sanatório, Merrin descobre que onde a igreja fora erguida havia um templo de sacrifícios humanos e que houvera, há 1500 anos atrás, um massacre liderado por um padre, em que uma série de possessões aconteceram e diversos exorcistas tentaram suprimir o mal, mas este ainda permanecia no local. Gionetti pede a Merrin para fazer um exorcismo, mas ele nega dizendo não ser mais padre. Mesmo assim ele lhe dá um livro de exorcismo, sendo que Merrin não imaginaria como este presente lhe seria útil.