Após a Mistério S/A - formada por Fred (Freddie Prinze Jr.), Daphne (Sarah Michelle Gellar), Velma (Linda Cardellini), Salsicha (Matthew Lillard) e Scooby-Doo - resolver um caso em uma fábrica de brinquedos o grupo se desfaz, pois alguns dos membros não suportavam ver Fred creditando sempre para si os feitos mais difíceis. Eles ficam sem se ver por dois anos, até Emile Mondavarious (Rowan Atkinson), o dono de um parque temático chamado "A Ilha do Espanto", contratar cada um deles para resolver um mistério envolvendo o parque. Porém nenhum deles sabia que cada um dos ex-parceiros também fora contratado, com o grupo se encontrando na hora do embarque e concordando em trabalhar juntos mais uma vez. Ao chegarem à Ilha do Espanto eles são recebidos por Mondavarious, que lhes diz acreditar que alguém jogou uma praga na ilha, pois os jovens chegam normais mas ao saírem são pessoas bem diferentes, muito mais sérios e agressivos. Daphne, Velma e Fred iniciam uma disputa particular para ver quem resolve o caso primeiro, sem imaginarem quem está por trás dos acontecimentos da Ilha do Espanto.